Bereits vor der letzten Renovierung besaß die Kirche in Zuffenhausen eine Pfeifenorgel.
1996 wurde dann die heutige unter Verwendung einiger alter Pfeifen vom Orgelbaumeister Rainer Hehl aus Murr neu aufgebaut. Die Orgel besitzt auf zwei Manualen und Pedal 16 selbständige Register, die von einer mechanischen Spiel- und einer elektrischen Registertraktur angesteuert werden. Durch die letztere war auch die Verwendung von insgesamt 4 x 8 freien Kombinationen möglich.Der moderne Prospekt spiegelt nicht wie in den traditionellen Orgelansichten den technischen Aufbau der Orgel mit dem Schwellwerk oben, Hauptwerk unten und dem Pedalwerk an den Seiten wieder, sondern symbolisiert mit seinen drei Fenstern allein die einzelnen Teilwerke der Orgel.
Hauptwerk Schwellwerk Pedal Prinzipal 8' Gedackt 8' Subbass 16' Spitzflöte 8' Salicional 8' Oktavbass 8' Oktave 4' Spillpfeife 4' Bourdon 8' Rohrflöte 4' Prinzipal 2' Choralbass 4' Waldflöte 2' Nasat 1 1/3' Mixtur III-IVfach 1 1/3' Dulcian 8' Koppel I/Ped. Koppel II/I Tremulant Koppel II/Ped.